O ETCO conta com dois conselhos principais que orientam a sua atuação. O Conselho Consultivo, presidido pelo tributarista Evarardo Maciel, inclui grandes nomes do setor empresarial, juristas, intelectuais e lideranças de diversos setores que inspiram o Instituto em relação aos grandes temas do País. Além de inúmeras contribuições pontuais, participaram de três reuniões para o debate de ideias ao longo do ano.

O Conselho de Administração atua na formulação e aprovação da estratégia de atuação do ETCO, assim como no acompanhamento das iniciativas e na avaliação dos resultados. Em 2019, o presidente Victório De Marchi passou essa responsabilidade ao novo titular do cargo, o advogado Alexandre Jobim. No ano, foram realizadas dez reuniões do Conselho de Administração.

As demonstrações financeiras de 2019 foram examinadas pela empresa de auditoria Deloitte, aprovadas pelo Conselho Fiscal e ratificadas pelo Conselho de Administração.